分子是能单独存在、并保持纯
物质的化学性质的最小粒子。
一个
分子是由多个原子在共价键中透过共享电子连接一起而形成。它可以由相
同化学
元素的原子组成，如氧气 O2；也可以是不同的
元素，如水
分子 H2O。抽象地，一个单一原子也可当作是一
分子（单原子
分子），但在实际使用时，“
分子”指的通常是多个原子的化学化合物。
原子在某一
元素的
分子内的数目叫作该
元素的原子数。
在气体
元素中，氢（H2）、氮（N2）、氧（O2）、氟（F2）和氯（Cl2）的原子数是2。稀有气体（如氩 Ar）是1。
固体元素中，黄磷（P4）原子数是4，硫（S8）的是8。所以，氩（Ar）是单原子，氧气（O2）是双原子的，臭氧（O3）则是三原子的。
由
分子组成的
物质叫
分子化合物。
大部分的
分子太细小，无法用肉眼看见，但也有例外，如
DNA——高
分子化合物的一种。
实验式
分子的一个特征就是组成化合物的
元素比例总是整数。例如，纯水中氢和氧的比例总是2:1，乙醇中碳、氢、和氧总是以2:6:1的比例组合。利用各种
元素的比例和化学符号就可以组成
分子的实验式。但是单凭实验式是无法决定
分子的类别——如乙烯的实验式就与丙烯一样（同是CH2），尽管这两个
分子的原子数或质量都不同。
化学式
要反映
分子中各种原子的真实数量，就要利用化学式。例如乙烯和丙烯的化学式分别为C2H4和C3H6。
但化学式相同并不代表两个
分子是一样的
物质，因为
分子中原子的排列和组合，亦即
分子的结构，也是决定
分子性质的要素。同样的原子但排列不同的
分子叫同分异构体。同分异构体有同一化学公式但因不同结构的关系有不同的特质。立体异构体是一种特别的异构体，它们可以有很相似的物理及化学性质，而同时有十分不同的生物化学性质。
由量子力学的定律的演算，
分子有固定的平衡几何状态——键的长度和之间的角度。纯
物质都是由相同几何结构的
分子组合而成的。
分子的化学式和结构是决定它的特质，尤其是它的化学活性的两要素。
